Живописная и благотворно влияющая на здоровье местность на берегу озера всегда привлекала внимание людей, и в 1932 году здесь был открыт пионерский лагерь, который работал в теплое время года. Капитальное строительство началось в 40-х годах прошлого столетия.

В 1941 году Металлургическим комбинатом города Магнитогорска было завершено строительство дома отдыха для рабочих и служащих. Но Великая отечественная война отодвинула открытие дома отдыха «Банное». Это событие свершилось только в 1950 году. С 1956 года дом отдыха переходит в подчинение Совета по управлению курортами профсоюзов Башкирской Республики. А уже в 1958 году здесь начинают проводить санаторно-курортные лечебно-оздоровительные курсы с использованием грязи из озера Мулдак-Куль. Дополнительная разведка пелоидов, обладающих лечебными свойствами, привела к открытию грязевого озера Безымянное-1. Лечебные грязи из него до сих пор используются в санатории, находится оно всего в 4 км от территории здравницы.

В 1971 году санаторий «Якты-Куль» стал бальнеоклиматическим курортом местного значения, на основании Постановления Совета Министров Башкирской АССР от 12.03.1971г. №106.
Все эти годы санаторий развивался, становился все более комфортабельным. Сегодня это современный комплекс, готовый принять одновременно 250 отдыхающих, в составе которого действуют два жилых корпуса, бальнеогрязелечебница, объединенная с лечебным корпусом, Центр досуга, столовая.

Здесь с успехом используют в лечебных методиках природные грязи и искусственно приготовленный радон. В сочетании с современными санаторно-курортными процедурами, природные лечебные факторы делают лечение в санатории максимально эффективным и безопасным, а комфортная обстановка превращает здравницу в территорию идеального отдыха и лечения.

Именно поэтому сюда ежегодно приезжают тысячи жителей и гостей республики. 60% отдыхающих приезжают повторно, ведь при хронических заболеваниях лечение в санатории врачи рекомендуют проводить ежегодно.